>自分でフォトショップで作ったjpeg画像は、イラストレーターCS6に原寸で配置できますが、スキャンしたjpeg画像は、配置すると400パーセントになってしまいます。
とのことですので、スキャンした画像の画像解像度が本来はスキャン解像度と同じになっているべきなのに、何らかの原因で72dpiになってしまっている、のが原因だと思われます。
また、kuboさんが挙げられた症状を何人もの方が動作確認されていますが、何の問題も起きていません。自分もYosemite環境のIllustrator CS6で動作確認をしましたが、100%で配置が可能でした。
ですので、Illustrator自体の問題ではなく、スキャン画像もしくはkuboさんの作業環境に何らかの問題が起きていると考えられます。
他の方が投稿された内容と被りますが、
1.Photoshopで一度画像を開いて画像解像度を確認して再保存する
スキャンした画像をそのまま配置するのではなく、一度Phtooshopで開いて画像解像度を確認してみてください。
解像度に問題がなくても、一度「別名で保存」を行ってから再度配置してみてください。
2.スキャナドライバのバージョンを確認する
Yosemite用のドライバが配付されています。OSをアップデートした後にドライバの更新をされていないようでしたら、ドライバの再インストールを行ってください。
3.Illustratorのバージョンを確認する
CC版のIllustrator CS6は16.2.1、パッケージ版のIllustrator CS6は16.0.5が最新バージョンです。
パッケージ版の場合はYosemite環境だと自動アップデートが効かない場合がありますので、下記からアップデータをダウンロードしてインストールしてください。
Adobe - Illustrator : For Macintosh : Adobe Illustrator 16.0.4 Update for Mac - All Languages
Adobe - Illustrator : For Macintosh : Adobe Illustrator 16.0.5 for Mac - All Languages
以上の3点を再度確認してみてください。
なお、
>キャノンさんに確認しましたが、(中略)イラストレーターCS6に配置する際に問題が起きているのではないか
についてですが、OSをアップデートしているとのことなので、今までと作業環境が変化しています。
そのため、今までは問題なく動作していたことでもできなくなることがあります。
お手数かもしれませんが、自分と他の方が何度も指摘されていることを今一度ご確認ください。